Većim dijelom filmski program sastoji se od iznimnih, uglavnom nagrađivanih igranih, dokumentarnih i kratkometražnih filmova s temom holokausta i tolerancije, dok večernje projekcije čini odabir filmova najvećim dijelom novije produkcije koji progovaraju o suvremenim životnim situacijama tematski bliskim Festivalu.
Program čini 60-ak filmova hrvatske, regionalne, europske, izraelske i općenito svjetske produkcije, a odabire se iz predselekcije prema sinopsisima, nagradama i kritikama uglednih filmskih festivala, portala i časopisa. Posljednjih godina selekcijski se dio sastoji i od prijavljenih te direktno pozvanih filmova pristiglih u ured Festivala. Svake godine tu selekciju čini oko 300 filmova.
Odabir programa vrše predsjednik Branko Lustig i direktorica Festivala Nataša Popović te se za pojedine programske dijelove konzultira uvaženi redatelj, profesor Branko Ivanda. Kao programske savjetnike iz inozemstva potrebno je istaknuti iransko-američkog redatelja Kayvana Mashayekha za američko područje te gospođu Vesnu Domany Hardy i londonskog povjesničara te kulturnog djelatnika, gospodina Malcolma Scotta Hardyja za europski film.
Od prvog izdanja Festivala, broj prikazanih filmova sukcesivno je rastao: na prvom izdanju ukupan broj filmova iznosio je 12, na drugom izdanju 20 (uz prikazivanje ukupno 11 izabranih filmova na prvom izdanju Festivala jevrejskog filma Sarajevo te ukupno 4 filma na Danu jevrejskog filma u Beogradu), na trećem izdanju 27, na četvrtom 40, da bi na petom i šestom izdanju ukupan broj filmova iznosio 54. U 2013. godini taj broj popeo se u Zagrebu na 58 filmova svih žanrova, dok je u Rijeci i Sarajevu prikazan smanjeni opus zagrebačkog izdanja.
Festival je od svojeg trećeg izdanja definirao temu prema kojoj bi se slagao filmski program; treće je izdanje tako bilo organizirano na temu „Djeca – stradalnici u holokaustu i ratovima”, četvrto na temu „Pravednici među narodima”, a peto na temu „Žene u holokaustu”. Prepoznavši poruku odane publike, Festival se od svojeg 6. izdanja fokusira na toleranciju zadržavši ju do danas kao temeljnu odrednicu svih segmenata programa čineći tako jedini regionalni spomenik toleranciji u kulturnom i edukativnom smislu. Gosti Festivala tolerancije – 7. Festivala židovskog filma Zagreb bili su renomirani filmski djelatnici koji su prihvatili poziv za gostovanjem te čije povratne informacije i poslijefestivalska korespondencija potvrđuju visoku kvalitetu organizacije Festivala i prijateljsko ozračje istog.
U sklopu filmskog programa, Festival od 2013. godine dodjeljuje nagradu publike – plaketu pod nazivom „Equality / Jednakost”.
Filmski program sastoji se od ostvarenja visoke umjetničke vrijednosti nagrađivanih po brojnim svjetskim festivalima, a nemali broj njih ima europsku, pa čak i svjetsku premijeru upravo na Festivalu tolerancije. Filmovi iz programa Festivala tolerancije pomno su birani s ciljem prenošenja poruke o ljudskim pravima i slobodama, toleranciji i prihvaćanju različitosti te se, osim umjetničkom vrijednošću, ističu porukom koju odašilju publici, ostavljajući joj potrebu za dubljim promišljanjem o temama kojima se bave.
Filmski program objavljuje se tjedan dana prije Festivala.
